健行科技大學目前設有四個學院，17個科系，包括：電資學院、工程學院、商管學院、民生與設計學院。

電資學院

電子工程系：電子系培養學生具備完整的電子技術專業能力，包括：半導體技術、物聯網技術應用、智慧機器人、電競產業等。想學半導體、晶片設計和最夯的人工智慧物聯網技術，來健行科大電子系，我教你!

電機工程系：電機系培養太陽能光電、綠能科技的人才，包括：太陽能光電模組封裝技術、太陽能光電系統設計與評估技術等。綠能科技是現在與未來的發展趨勢，來健行電機系一定是最佳選擇。

資訊工程系：資工系培養資訊安全、網路技術、大數據應用、智慧家庭應用等領域技術，讓學生具備完整的資訊專業知識與能力，輔導學生取得資訊技術國際證照，訓練產業所需要的人才。

工程學院

土木工程系：土木系積極發展的重點為空間資訊與防災科技、非破壞性檢測、營建管理、CAE & CAD。課程規劃以工程專業技術為主，人文教育為輔，期以達到工程藝術化，藝術生活化，培育符合時代所需之土木工程設計、施工、檢驗與管理之專才。

機械工程系：機械系發展方向著重「機電整合與自動控制」及「精密製造與自動化技術」二大方向，培育超精密加工、精密射出成型、量測與感測控制、光學與振動測量、電化學加工、智慧結構、半導體封裝、影像處理及逆向工程實驗室」等技術。

應用空間資訊系：本系整合空間資訊及電腦科技的創新理念，並以全球定位系統（GPS）、遙感探測（RS）及地理資訊系統（GIS），作為空間資訊專業知識之教育核心，提供學生良好的學習環境，以訓練學生具備空間資料蒐集及處理、資訊系統開發及建置以及空間資訊整合及應用之基礎能力。

車輛工程系：本系主要發展領域包括：車輛工程、先進車輛、智慧檢修、綠色能源、服務廠經營管理等。並且因應電動車發展的新興趨勢，發展智慧電動車維修、先進車輛維修，訓練學生實務技術與經驗。

商管學院

工業管理系：本系在系統化、資訊化與數位電子化環境下，提供人力、物料、流程、設備及資訊之最佳化設計、建構、改善、再造及整合之知識與技術，朝向品質管理、企業電子化、計量管理、科技管理、人因與工安衛等五大學群邁進，提供學生更明確之就業出路。

資訊管理系：本系著重於培養：企業電子化領域人員、資訊應用領域人員、多媒體應用領域人員三個主軸，配合產業界需求，將本系重點培養學生成為數位學習規劃人員、企業智慧開發人員及資訊安全管理人員等三大領域。

企業管理系：目前本系除了企業管理系之外，還設有「時尚產業管理組」。本系以發展客戶經營管理、微型創業管理、時尚產業管理等三大課程領域為發展重點方向，提升學生生產、行銷、人資、研發、財務等五管整合能力，培養學生成為具創業思維、團隊合作與實務經驗之公、民營企業管理人才。

財務金融系：本系加強金融、證劵、資訊投資理財等各方面專業知識及經由實務應用，提昇學生對國際金融資訊之敏感度與反應能力，注重企業財務管理與內部控制稽核之理論訓練與個案研討。本系設有「金融管理組」、「投資理財組」等兩個組，使本系成為契合金融產業需求與具備財金技職特色之人才搖籃。

行銷與流通管理系：本系的特色領域包括：「行銷企劃實務」、「流通服務管理」、「商店與電子商務經營與管理」、「運動行銷」等，並且下設有「運動行銷組」。尤其奠立學生正確的行銷觀念與技巧，特別強調行銷企劃實作、資訊應用於流通管理、供應鏈管理、網路行銷、電子商務、智慧型運輸系統管理等能力的養成。

民生與設計學院

國際企業經營系：本系目前設有「航空行銷組」、「觀光休閒組」。航空行銷組發展「客艙服務與地勤管理」、「航空行銷與經營企劃」與「場站物流與倉儲管理」三種專業。觀光休閒組規劃重點包括「旅遊管理」與「休閒遊憩管理」兩項專業領域。有系統的培養學生成為航空管理與光光休閒管理的人才。

應用外語系：本系設有英語組、日韓語組等兩組，重視外語專業的提升，強調實務的教學，精進航旅觀光商務、兒童英語教學、職場日語、職場韓語相關外語學程發展ESP課程教學，培養具外語能力的優質實務型專業人才。

餐旅管理系：本系包含餐飲廚藝與旅館管理，在綠色經濟的風潮之下，強調環保節能，在世界一家的概念之下，致力國際交流，在「好學有禮」的校訓下，培育術德兼備的餐旅產業人才。主要培育課程領域包括「餐旅服務人員」、「餐飲製備人員」、「餐旅行政管理專員」等三類專業餐旅人才。

數位多媒體設計系：在面對全球市場對於媒體多元人才的需求下，數媒系在於培育術德兼備的數位多媒體設計與創意人才，使學生具備「數位音樂音效創作」與「數位影片創作」等相關能力，透過清楚的就業導向設計，導引學生學習專業技能，強化學生之職場競爭力與就業力。

室內設計與管理系：本系教育定位為「培育室內設計及專案管理的專業人才」，強調設計與實務並重的課程設計，融入專題導向的學習模式，輔導專業技能認證，並提供學生暑期與學期的設計實習課程，務實且多元的課程與學習機會，讓畢業學生在職場上即具備實戰力。